JUNO bercerita soal problematika hidup gadis belia yang tengah hamil (teen pregnancy). Kehamilan di luar nikah pada remaja itu dijelaskan bukan sebagai malapetaka, drama penuh emosi, aib dan sesuatu yang sangat memalukan. Awalnya, Juno (Ellen Page) terlibat hubungan seks pra nikah dengan pacarnya Paulie Bleeker (Michael Cera). Hubungan ini mengakibatkan Juno yang baru berusia 16 tahun hamil.
Tak tahu harus berbuat apa, Juno menceritakan masalah ini pada Paulie. Singkat kata, Juno dan Paulie sepakat untuk menggugurkan bayi dalam kandungan Juno. Namun saat Juno berada di Women Now tempat ia akan melakukan aborsi, Juno berubah pikiran. Ia ingin membiarkan janin dalam rahimnya tumbuh.
Nekat dengan keputusan besar ini, Juno pun mau tak mau harus memberi tahu kedua orang tuanya. Untungnya, walaupun sempat terkejut, kedua orang tua Juno cukup bijaksana menghadapi masalah ini. Juno berencana untuk memberikan bayinya pada keluarga yang ingin mengadopsi bayi.
Kebetulan pasangan Vanessa Loring (Jennifer Garner) dan Mark Loring (Jason Bateman) sedang berencana untuk mengadopsi seorang anak. Juno dan kedua orang tuanya sepakat untuk memberikan bayi Juno pada pasangan Loring setelah lahir nanti. Namun tampaknya takdir berkata lain. Beberapa kejadian semasa kehamilan Juno membuat gadis ini berubah keputusan